С 1951 по 1968 годы заведовал кафедрой башкирского языкознания вначале в педагогическом институте, а затем в Башкирском государственном университете. С 1957 по 1961 годы - проректор БашГУ по учебной работе.

В 1960 году защитил докторскую диссертацию на тему «Фонетика башкирского языка (опыт описательного и сравнительно-исторического исследования)». В 1961 году присвоено звание профессора.

В 1966 году опубликовал фундаментальный труд «Лексика и фразеология современного башкирского литературного языка». В монографии уделено определенное внимание также лексическим заимствованиям из русского, арабского, персидского и других языков.

В 1966 году опубликовал учебное пособие по башкирскому языку для студентов заочного отделения, где подробно изложены грамматические категории именных частей речи и глагола. Эта книга фактически явилась первым учебным пособием для студентов филологического факультета Башкирского государственного университета и педагогических институтов.

Джалиль Гиниятович вел большую общественную работу. Он являлся членом Советского комитета солидарности стран Азии и Африки. Награжден орденами Ленина и "Знак почета".

Посмертно в 1996 году была опубликована монография Киекбаева «Основы исторической грамматики урало-алтайских языков» (в рукописи получившая положительные рецензии Н. А. Баскакова, М. З. Закиева и Б. А. Серебренникова), в которой автор основывает сравнительное рассмотрение языков на основе категории определенности и неопределенности.

В 1991 году учреждена ежегодная премия им. Джалиля Киеакбаева.